Одјељење за контролу средине и превенцију интрахоспиталних инфекција утврђује релевантне чињенице и предлаже мјере и радње из области збрињавања медицинског отпада и превенције интрахоспиталних инфекција на нивоу Клиничког центра, планира примјену и развија технологије за збрињавање медицинског отпада и превенцију интрахоспиталних инфекција, надзире извршење обавезујућих мјера и радњи из ове области, води одговарајуће евиденције те  врши друге послове предвиђене законским  и подзаконским  актима, односно  општим актима Клиничког центра.