Odjeljenje za kontrolu sredine i prevenciju intrahospitalnih infekcija utvrđuje relevantne činjenice i predlaže mjere i radnje iz oblasti zbrinjavanja medicinskog otpada i prevencije intrahospitalnih infekcija na nivou Kliničkog centra, planira primjenu i razvija tehnologije za zbrinjavanje medicinskog otpada i prevenciju intrahospitalnih infekcija, nadzire izvršenje obavezujućih mjera i radnji iz ove oblasti, vodi odgovarajuće evidencije te  vrši druge poslove predviđene zakonskim  i podzakonskim  aktima, odnosno  opštim aktima Kliničkog centra.